今さっき気づいたのですが、permalinkを設定してからシングル記事表示の時のサイドバーが一部リンクが言うこと聞かなくなっていました。
私の場合サイドバーのメインカテゴリへのリンクは手書きのもの（wp_list_catsなどのテンプレートタグを使わず直接URLを記入）もあって、それがカテゴリ表示のときは大丈夫なのがシングル表示だとおかしくなってました。
sidebarにはメインへのリンクは
<a href="?cat=x">
というようにxの場所にカテゴリIDを指定してましたが、例えば記事ID123の記事を見るときのPermalinkは
http://www.hyperpup.com/main/archives/123
となり、その画面でsidebarから例えばカテゴリID1のカテゴリを選択すると
http://www.hyperpup.com/main/archives/123?cat=1
となってしまうからでした。これでは困るので、各メインカテゴリへのリンク部分を
<a href="<?php echo get_settings('home'); ?>/?cat=x">
に変更したらうまく行きました。まだ見過ごしている不具合がでてくるかもしれませんね。